高鐵通關一直是疫情爆發以來令人關心的話題。通關在即，運輸及物流局局長林世雄在1月5日的記者會提到：「預計高鐵服務將不遲於一月十五日恢復運作。除了恢復西九龍站至福田、深圳北、廣州南的高鐵服務之外，往來西九龍至廣州東的高鐵服務亦會於高鐵恢復服務當日開通。」
通關安排
根據通關初期的安排，相信之後通過高鐵北上會同由機場、海路、港珠澳大橋相似，不需要預約，買到車票即可。不過暫時只開通香港西九龍至深圳和廣州的短途路線。前往內地其他城市，還需在深圳或廣州轉車。高鐵通關時，正值內地春運期間，由深圳、廣州前往其他城市的車票都會比較緊俏，1月5日，已經可以購買年廿八的車票。如果打算前往其他省市，最好即刻在12306購買內地的車票再等香港恢復之後購買跨境段。
如何購買車票回內地，可參考此篇。
新增廣州東站目的地
疫情爆發以來的三年，內地高鐵網絡又有新的發展。在粵港澳大灣區，都陸續有高鐵項目落成通車。同香港關係最大的當屬贛深高鐵。贛深高鐵建設時，同時修建了與既有老廣深鐵路的聯絡線。
香港的高鐵站通車初時曾被詬病只能夠到達廣州南站，遠離廣州市區。這條聯絡線連通就可以實現列車由西九龍站經深圳北站上聯絡線進入廣深城際鐵路到達廣州東站，更接近港人經常出入的廣州市區。不過，由於老廣深鐵路的限速180km/h，相比廣深港高鐵的310km/h慢。現時由深圳北站到廣州東站的列車需要約70分鐘，到廣州南只需約30分鐘。由此可以估算，高鐵重新開通後由香港西九龍到廣州東站大約需要90分鐘。
另外，如果列車停靠沿途的中途站，也為港人前往塘廈（東莞南站）、常平、東莞提供便利。相信，到時廣九直通車將會逐漸減少班次，甚至取消。
未來發展
疫情前，在香港西九龍站出發或到達，都需要在車站提前取票，使用車票入閘出閘。然而現時內地所有車站都已經實現車票電子化，無需取票，只需刷身分證就可上車。相信西九龍站之後也能實現刷有芯片的二代回鄉證入閘出閘。
2022年6月，京廣高鐵北京至武漢段常態化提速至時速 350 公里行駛。長途車恢復後，香港西九龍到北京大約八個半小時左右到達，相比疫情前可節省30分鐘。
疫情前，西九龍到上海虹橋的G100次列車需要8小時17分到達。贛深高鐵的開通，大大縮短了香港與華東的時空距離。
現時，深圳經贛深高鐵到上海的G998次只需要6小時55分。由此可估計，未來恢復長途車時，前往上海可7小時20分左右到達，比現在大致快一小時。
已經建成開通新塘南站（可連接廣州東站）至深圳機場站的穗深城際鐵路，北端花都經廣州機場至新塘南已經完成鋪軌，聯調聯試後將可以通車，未來向東計畫將延伸至皇崗口岸。
之後，港人前往前海、深圳機場、長安、虎門、增城、花都等地，都將多一個選擇。
貴廣鐵路是香港乘搭高鐵前往西南眾多城市，如桂林、貴陽、昆明、重慶的必經之路。貴廣鐵路現正進行提速改造工程。
施工期間，列車需要降速保證施工安全，全程比現在慢一小時左右。完工後，時速將由250km/h提升至300km/h，全程大約可縮短40分鐘，到桂林大約可節省20分鐘。屆時，香港至桂林、貴陽、昆明、成都、重慶大約只需3小時、5小時、7小時、7小時。